У сектору транспорта, ФЦЕВ-ови са погоном на водоник, који се називају и аутомобили на горивне ћелије, су најпогоднији за апликације са захтевима великог домета, већим носивостима и великом потребом за флексибилношћу. Декарбонизација транспортног сектора је посебно важна јер троши велики део укупне енергије и може постићи више од 30% укупног смањења ЦО2 из водоника у транспортном сектору.

Први путнички аутомобили на гориве ћелије тестирани су 1960-их као демонстрациони пројекти. Деведесетих година прошлог века дат је нови подстицај развоју горивих ћелија. У већини случајева, возила за тестирање горивих ћелија била су преуређени аутомобили који су првобитно били опремљени мотором са унутрашњим сагоревањем. Међутим, у то време први тестни модели још нису били конкурентни, ни технички ни економски.

Прототипови бензинских мотора који користе водоник као алтернативну енергију и гориво са ниским емисијама такође су настављени са тестирањем. То су била возила са модификованим двовалентним моторима, који су могли да раде и на бензин и на водоник. Захваљујући овом гориву, мотори са унутрашњим сагоревањем на водоник не само да постижу нешто већу ефикасност него када раде на бензин, већ и емитују много ниже нивое загађивача. У случају путничких аутомобила, фокус је сада скоро искључиво на горивим ћелијама које покреће водоник као извор вучне снаге. Сада постоји много практичног искуства са прототиповима путничких аутомобила на гориве ћелије

Већ постоје произвођачи који нуде моделе аутомобила на водоник за продају на тржишту, уз прогнозу да ће се листа понуђених модела горивих ћелија значајно повећати