Vetypolttoaineen hinta vaihtelee maan, alueen ja tuotantotavan mukaan. Vetypolttoainetta myydään tyypillisesti kilogrammoittain (kg), ja hinnat voivat vaihdella alle 5 dollarista kilolta yli 16 dollariin kilolta.

Joissakin maissa, joilla on kehittyneet vetypolttoainemarkkinat, kuten Japanissa ja Kaliforniassa Yhdysvalloissa, hinnat ovat laskeneet vuosien mittaan lisääntyneen tuotannon ja kilpailun vuoksi. Toisaalta maissa, joissa markkinat ovat vähemmän kehittyneet, hinnat voivat nousta infrastruktuurin ja tuotantolaitosten puutteen vuoksi.

On otettava huomioon, että vetypolttoaineen tuotantokustannukset voivat vaihdella suuresti valmistusmenetelmästä riippuen. Tällä hetkellä yleisimmät menetelmät ovat maakaasuun perustuva höyrymetaanireformointi (SMR) ja elektrolyysi, joka jakaa veden vedyksi ja hapeksi sähköllä. Uusiutuvan energian yleistyessä elektrolyysillä tuotetun vedyn kustannusten odotetaan laskevan, mikä tekee siitä kilpailukykyisemmän perinteisten fossiilisten polttoaineiden kanssa.

Kaiken kaikkiaan vedyn hinnan odotetaan jatkavan laskuaan, kun yhä useammat maat investoivat infrastruktuuriin ja tuotantolaitoksiin ja kun uusiutuva energia tulee edullisemmaksi.