De prijs van waterstofbrandstof varieert afhankelijk van het land, de regio en de productiemethode. Waterstofbrandstof wordt meestal per kilogram (kg) verkocht en de prijzen kunnen variëren van minder dan $ 5/kg tot meer dan $ 16/kg.

In sommige landen met ontwikkelde markten voor waterstofbrandstof, zoals Japan en Californië in de Verenigde Staten, zijn de prijzen in de loop der jaren gedaald als gevolg van toegenomen productie en concurrentie. Aan de andere kant kunnen de prijzen in landen met minder ontwikkelde markten stijgen door een gebrek aan infrastructuur en productiefaciliteiten.

Houd er rekening mee dat de kosten voor het produceren van waterstof als brandstof sterk kunnen variëren, afhankelijk van de productiemethode. Momenteel zijn de meest gebruikelijke methoden steam methaan reforming (SMR), dat is gebaseerd op aardgas, en elektrolyse, waarbij water met behulp van elektriciteit wordt gesplitst in waterstof en zuurstof. Naarmate hernieuwbare energiebronnen wijdverspreider worden, wordt verwacht dat de kosten van de productie van waterstof door middel van elektrolyse zullen dalen, waardoor het concurrerender wordt met traditionele fossiele brandstoffen.